アルム＝バンド ga('create')するときに第三引数でパスを与えてあげると分離できるとのことでした。
しかし、Google Analytics自体も改善されており、2016年当時は「ユニバーサル・アナリティクス・タグ」でしたが、2017年からは「グローバル・サイト・タグ」として、gtagで記述されているものになりました。
そこで2つのGoogleアカウントを作成し、両方グローバル・サイト・タグとして、https://example.com/とhttps://example.com/aaa/のそれぞれに埋め込みをしてみました。
当日中なのでリアルタイムビューしか見ていませんが、どうやらトラッキングコードを何もいじらなくても、それぞれ別サイトとして認識されるようです。
設定側としては楽になるので、もし間違いでなければこれは嬉しいですね。
なお、今回は用途が違いましたが、同じIDでフィルタリングしたい場合は下記のような方法になるようです。
また、グローバル・サイト・タグの場合のAPIリファレンスは下記のようです。
別件ですが、サイトを途中からSSL化した場合はどうするのか。 Google Analyticsは設定変更で引き継ぎ可、一方、Google Search Consoleは新規作成になるようです。 併せてメモしておきます。